O município de São Borja está a 99 metros de altitude, latitude de 28º39´44´´.
O clima da região é classificado como temperado subtropical, em função do nível de precipitação anual e das médias das temperaturas mínimas e máximas.
A temperatura média anual é de 30º C, a temperatura média máxima do ano é de 30º C, nos meses mais quentes. A média do mês de janeiro, mês mais quente, é de 33,3º C. A temperatura máxima absoluta ocorreu em 2008, chegando a 42º C. Com freqüência ocorrem estiagens de inverno e verão.
As temperaturas mínimas não ultrapassam os –5º C, tendo ocorrido no mês de julho de 1975, sendo a mínima absoluta. A temperatura média mínima do ano é de 15,6º C. As temperaturas médias mínimas do mês de julho, mês mais frio, são de 9,6º C.
No inverno há formação de geadas, sendo o número médio de 18 dias. Não há ocorrência de nevadas.
A precipitação média dos últimos dez anos é de 1.523 mm/ano, sendo a média mensal máxima a do mês de outubro, com 162 mm.
Caracteriza-se pela má distribuição e intensidade das precipitações.
Ocorrem chuvas excessivas no Outono e Primavera.
O número de chuvas normais durante o ano é de 87 dias.
A direção predominante do vento é norte e sudoeste.
A umidade relativa do ar média é de 75%.
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