Atualmente o município de São Borja conta com:
- 11 Escolas Municipais de Educação Infantil (EMEI);
- 11 Escolas Municipais de Ensino Fundamental (EMEF) na zona urbana e 08 na zona rural;
- 10 escolas estaduais na cidade e 03 no interior;
- 02 colégios particulares: o Colégio Sagrado Coração de Jesus, com turmas do jardim ao ensino médio, com formação profissionalizante de Técnico em Informática e Técnico em Enfermagem, bem como o Colégio Adventista, que oferece o Ensino Fundamental;
- Universidade Federal do Pampa (UNIPAMPA): oferece os cursos de Jornalismo, Ciências Humanas, Ciências Sociais – Ciência Política, Comunicação Social – Publicidade e Propaganda, Direito, Geografia, Relações Públicas e Serviço Social;
- Instituto Federal Farroupilha (IFFAR), com cursos técnicos na área de Informática, Eventos e Cozinha; Licenciaturas em Matemática e Física; Bacharelado em Sistemas de Informação; Tecnologia em Gestão de Turismo e Tecnologia em Gastronomia. Na modalidade de educação a distância, é ofertado o curso Técnico em Informática para Internet.
- Universidade Estadual do Rio Grande do Sul (UERGS), com os cursos de Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia (Bacharelado) e Gestão Ambiental (Bacharelado).
- Possui também diversos cursos EAD, entre eles, o Centro Universitário Internacional (UNINTER), a Universidade Anhanguera e a Universidade Uniasselvi.
