A bacia hidrográfica de São Borja é servida da seguinte forma: o Rio Uruguai, com grande volume de água, que tem como afluentes no município os rios Icamaquã e Butuí.
O rio Butuí nasce em São Borja, sendo sua nascente em campos de criação de gado, sem proteção, vindo a ter mata ciliar um pouco abaixo da nascente. É um rio que tem sua água bastante disputada para a irrigação das lavouras de arroz, diminuindo consideravelmente a água em períodos de estiagem.
O rio Icamaquã, de maior porte, também tem em suas margens grandes lavouras de arroz, e sua água usada para irrigação. Em períodos de estiagem prolongada seca em alguns trechos, porém em períodos de chuvas excessivas, ocorrem enchentes em suas várzeas.
Nas margens do rio Uruguai estão as terras mais caras, onde a água para a irrigação é farta, porém sujeita às cheias do rio. As águas são bastante barrentas devido à constante erosão.
